Komisja papieska, która miała ustalić winę zakonu, zakończyła pracę w czerwcu 1311 roku. Jesienią tego samego roku sobór w Vienne zadecydował o losie templariuszy. Decyzja została ogłoszona 3 kwietnia 1312 roku - była nią kasata zakonu, lecz nie potępienie. Bulla papieża Klemensa V Vox in excelso wyrok ten zatwierdziła. Majątek zakonu, z wyjątkiem dóbr w Hiszpanii, miał być przekazany joanitom. We Francji, po kilkuletnim zarządzaniu nim przez urzędników królewskich, niewiele z tego majątku zostało. Król zresztą nie spieszył się z przekazywaniem dóbr templariuszy. W dalszym ciągu zabierał dochody z wielu posiadłości, traktując to jako zapłatę za koszty procesu. Zażądał również od joanitów 200 000 funtów turoneńskich odszkodowania za utratę rzekomego depozytu królewskiego, złożonego u templariuszy. Spory majątkowe Filipa Pięknego z joanitami ciągnęły się jeszcze długo.
Pozostała jeszcze sprawa więzionych templariuszy, o których losie bulla papieża Klemensa V nie wspomina. Ci, którzy przyznali się do winy i obiecali pokutować, zostali uwolnieni. Natomiast ci, co nie chcieli pokutować albo odwoływali zeznania - co miało świadczyć o złej woli - pozostali w więzieniach króla, zatrzymani do dyspozycji inkwizytorów. Wielki mistrz zakonu Jakub de Moi preceptor Normandii Geoffroi de Charnay zostali spaleni na stosie w Paryżu 18 marca 1314 roku.
Proces i likwidacja potężnego zakonu templariuszy były jedną z najgłośniejszych spraw tego czasu. Król Filip IV Piękny przeprowadził całą akcję w sposób mistrzowski. Występując jako obrońca religii i Kościoła nie tylko usunął ze swego państwa niebezpieczną - bo niezależną i silną - instytucję kościelną, ale ponadto zasilił ogromnym majątkiem zakonu skarb królewski. Niektórzy z bystrych obserwatorów tych wydarzeń już niedługo po wielkim procesie pisali nie bez ironii, że jako heretyków zlikwidowano najbardziej wiernych ludzi papiestwa i obrońców religii.
Losy templariuszy poza Francją ułożyły się różnie. Większość władców chrześcijańskich poszła śladem Filipa Pięknego, ale nie wszędzie procesy dowiodły winę templariuszy. Na Cyprze, oficjalnej siedzibie zakonu, templariusze bronili się około miesiąca pod wodzą marszałka zakonu Ayme de Oselier. W czerwcu 1308 roku musieli się poddać i zostali aresztowani. Skarbu zakonu, który powinien się znajdować w głównej siedzibie, nie znaleziono. Został tak dobrze ukryty, że" nie odnaleziono go nigdy. Być może wielki mistrz Jakub de Molay przewiózł go do Francji i tam ukrył. Jeszcze dziś spotyka się we Francji poszukiwaczy "skarbu templariuszy". Przed kilku laty bestsellerem stała się książka dziennikarza Gerarda de Sede Les Templiers sont parmi nous, ou L'Enigme de Gisors, który dowodził, że skarb ten został ukryty w istniejącym do dziś zamku Gisors w Normandii.
Templariusze z Niemiec zjawili się pod bronią w sądzie inkwizycyjnym arcybiskupów Moguncji i Trewiru, protestując przeciw fałszywym oskarżeniom. Na ziemiach polskich nie było gwałtownych wystąpień przeciw templariuszom. Nie wiadomo też, czy odbywały się ich procesy. Po kasacie zakonu dobra jego przeszły na własność joannitów. Zapewne też część templariuszy wstąpiła w szeregi tego zakonu. Templariusze aragońscy przeszło pół roku bronili się w swoich zamkach, oblegani przez wojska króla Jakuba II. Władca Aragonu miał wielką ochotę zatrzymać zajęte dobra templariuszy, aby powiększyć nimi dochody królewskie. Sprzeciwił się jednak temu papież, mimo to król nie chciał przekazać majątku joannitom, obawiając się nadmiernego wzrostu ich potęgi. Znalazł więc inne rozwiązanie. Utworzył nowy zakon - rycerzy z Montesa, i uposażył go dobrami templariuszy. Zakon ten przyjął regułę cysterską i został podporządkowany rycerzom z Calatrava, a papież Jan XXII zatwierdził go w 1317 roku.
Zupełnie nieoczekiwane były losy templariuszy w Portugalii. Zakon miał tu kilka zamków i duże posiadłości; mistrzowie prowincjonalni zachowywali dobre stosunki z monarchią i nie kwestionowali zwierzchności królów nad rycerzami zakonnymi. Taki stosunek templariuszy portugalskich do władzy państwowej był czymś wyjątkowym w zakonie, ale dzięki temu przetrwali oni lata wielkiego kryzysu. Król Dionizy I (1279-1325), jeden z najwybitniejszych władców średniowiecznej Portugalii, sprzeciwił się kasacie templariuszy w swoim państwie i przekształcił ich w nowy zakon Rycerzy Chrystusa, zatwierdzony ostatecznie przez papieża Jana XXII w 1319 roku.
Zakon Rycerzy Chrystusa - rekrutujący się w pierwszym pokoleniu z byłych templariuszy - otrzymał, na wzór innych hiszpańskich zakonów rycerskich, regułę cysterską dostosowaną do zadań militarnych. Stał się szybko rodzajem gwardii przybocznej władców Portugalii. Rycerze zakonni składali przysięgę wierności królowi, obiecując uroczyście, że nigdy nie uczynią "ani jawnie, ani skrycie" nic, co przyniosłoby szkodę królowi, jego rodzinie i jego państwu. Szczególnie zasłużył się zakon Rycerzy Chrystusa w budowie potęgi morskiej i kolonialnej Portugalii. Wielki mistrz zakonu, sławny książę Henryk Żeglarz, mógł z ogromnych dochodów zakonnych finansować wyprawy odkrywcze wzdłuż brzegów Afryki i rozbudowywać flotę portugalską. W połowie XV wieku papież Kalikst III przekazał zakonowi Rycerzy Chrystusa całą władzę kościelną w koloniach portugalskich Afryki i Azji. Sto lat później zakon następców templariuszy stał u szczytu potęgi. Posiadłości jego, zorganizowane w 450 komandorii, przynosiły kolosalne zyski. W 1551 roku papież zezwolił królowi Janowi III Pobożnemu zjednoczyć urząd wielkiego mistrza zakonu z koroną portugalską. Odtąd też zakon Rycerzy Chrystusa coraz bardziej przekształcał się w organizację honorową, której członkami byli ludzie zasłużeni dla monarchii.
Historia templariuszy nie kończy się na ich rzeczywistych kontynuatorach - portugalskim zakonie Rycerzy Chrystusa. W czasach nowożytnych do tradycji zakonu templariuszy sięgnęły tajne stowarzyszenia masońskie. Część lóż masońskich przyjęła nazwę Rycerzy Świątyni (a więc templariuszy) oraz stopnie i urzędy zakonne. Dorobiono do tego fantastyczną symbolikę i ryty, o jakich się prawdziwym templariuszom nie śniło. Powstała też legendarna historia templariuszy "w konspiracji", która miała wypełnić lukę między datą likwidacji zakonu w 1312 roku a wiekiem XVIII, kiedy to pojawili się ich masońscy kontynuatorzy. Wielki łgarz baron de Hund pierwszy, jak się zdaje, wymyślił historię o ucieczce kilku templariuszy z Francji do Szkocji. Mieli oni tutaj, z dala od króla Francji i inkwizytorów, założyć tajną filię zakonu, która przetrwała w ukryciu aż do XVIII wieku. Ta część "historii" templariuszy, jakkolwiek bardzo interesująca, należy już do zupełnie innego tematu i z zakonami rycerskimi nie ma nic wspólnego.
Edward Potkowski