Wyparci z Rodos joannici lądowali we Włoszech. Na tymczasową siedzibę papież wyznaczył im miasto Yiterbo w Państwie Kościelnym, położone niedaleko Rzymu. Bliskość kurii papieskiej nie odpowiadała wielkiemu mistrzowi i jego sztabowi ? grupie dostojników zakonu. Poszukiwano więc nowego miejsca do założenia głównej siedziby i bazy operacyjnej. Wielki mistrz Filip Yilliers prowadził pertraktacje w sprawie zajęcia Majorki; myślano też o wyspie Korfu i wyspach Hyeres na Morzu Śródziemnym u wybrzeży Francji, a nawet projektowano zajęcie wyspy Wight w kanale La Manche.
W październiku 1530 roku wielki mistrz z rycerzami zakonu lądował na Malcie. Rozpoczął się nowy okres w historii joannitów, zwanych odtąd często kawalerami maltańskimi.
Turcy i berberyjscy korsarze próbowali ich stąd przepędzić. W maju 1565 roku stary sułtan Sulejman II Wspaniały wysłał dużą, 100-tysięczną armię na podbój Malty. Po czterech miesiącach walk wielki mistrz Jan de la Yalette zdołał odeprzeć turecki atak. Ten energiczny mistrz zakonu rozpoczął również budowę potężnej twierdzy, która chroniłaby joannitów przed nagłymi atakami nieprzyjaciela i pozwoliła przetrzymać długie oblężenia. Była to, istniejąca do dziś, Yaletta, główna siedziba zakonu do końca XVIII wieku. Ufortyfikowana Malta stała się wkrótce jednym z najsilniejszych punktów na Morzu Śródziemnym i główną bazą wypadową korsarzy chrześcijańskich. Zakon pozostał instytucją potężną i bogatą. Wprawdzie na skutek reformacji utracił majątki w Anglii, Niderlandach i protestanckich krajach niemieckich. Kawalerowie maltańscy, po odbyciu obowiązkowego ?stażu" na wyspie, wracali do swoich krajów; zatrudniani byli na dworach władców, służyli w dyplomacji, zaciągali się do wojska i marynarki. Rozrzuceni po całej Europie i poza nią członkowie zakonu przesyłali wielkiemu mistrzowi szczegółowe sprawozdania ze swej działalności. Dlatego zakon kawalerów maltańskich był instytucją doskonale zorientowaną w sprawach polityki europejskiej, a wielcy mistrzowie nieraz mieszali się do sporów i konfliktów władców europejskich.
Bogaty i potężny zakon zachował więc swoje wpływy, które zdobył już w średniowieczu. Był też ciągle instytucją atrakcyjną, zwłaszcza dla synów zubożałych rodzin szlacheckich. Zapewniał im bowiem nie tylko dostatnie życie ? to dawała też kariera duchowna ? ale również możliwość wyżycia się w walce i korsarskich rejsach. Galery maltańczyków krążyły nieustannie po całym Morzu Śródziemnym, napadając i łupiąc statki tureckie, berberyjskie i inne. Ryzyko było zawsze duże. Atakowane statki zdobywano z licznych komandorii zakonu, rozsianych po całej Europie. Kawalerowie maltańscy znani więc byli na całym Morzu Śródziemnym jako dobrzy żołnierze i żeglarze, okrutni i nieugięci w walce. Na ich okrętach panowała żelazna dyscyplina, dowódcy byli dobrymi fachowcami, doświadczonymi żeglarzami. Dlatego akcje morskie maltańczyków, często ryzykowne, ale pod względem strategicznym przeprowadzane doskonale, zwykle uwieńczone były sukcesem. Sława joannitów przyciągała na Maltę wielu ochotników, którzy tutaj chcieli się uczyć trudnej sztuki walki na morzu. Byli to ludzie z różnych stron Europy, spotykało się wśród nich wielu Szwedów, a nawet Rosjan. Po odbyciu kilkuletniej służby na okrętach maltańczyków wracali oni do służby w marynarce własnych krajów.
W Europie opowieści o niezwykłych przygodach maltańczyków ? rzeczywistych lub zabarwionych fantazją ich autorów ? były chętnie czytane i bardzo popularne. Zresztą losy życia niektórych z nich były istotnie dobrym materiałem na ciekawą powieść.