Pierwsza pomyślna faza podboju Prus przez krzyżaków załamała się dość gwałtownie po roku 1240. Złożyło się na to wiele przyczyn, głównie politycznych i militarnych.
Rozszerzenie terytorialne działań militarnych zakonu, po połączeniu krzyżaków z Kawalerami Mieczowymi w Inflantach, spowodowało osłabienie sił krzyżackich w Prusach o tę ich część, która zaangażowana była w Inflantach. Po śmierci wielkiego mistrza Hermana von Salza (1239) otwarta walka między papieżem a cesarzem pozbawiła nadto zakon krzyżacki protekcji obu najważniejszych w świecie chrześcijańskim władz. Przede wszystkim jednak krzyżacki podbój Prus zatrzymany został z powodu wojen między zakonem a księciem pomorskim Świętopełkiem - energicznym sprzymierzeńcem Prusów w walce z krzyżakami - i równoczesnego powstania Prusów.
Świętopełk, książę Pomorza Gdańskiego - które oddzielało krzyżackie Prusy od Pomorza Zachodniego, wówczas już części cesarstwa - należał początkowo do sojuszników zakonu. Brał udział w krucjacie 1233 roku i przyczynił się do zwycięstwa krzyżaków nad Pomezanami w bitwie nad rzeką Dzierzgonią. Jeszcze w roku 1234 walczył po stronie krzyżaków przeciw Prusom.
Konflikt Świętopełka z krzyżakami rozpoczął się od sporów granicznych, choć zapewne księcia pomorskiego ? jako polityka dalekowzrocznego ? niepokoiły sukcesy krzyżaków i szybki wzrost ich potęgi. Granicę między Pomorzem a posiadłościami krzyżackimi wyznaczała Wisła z Nogatem. W okresie podboju krzyżackiego ten szlak wodny stał się ważną drogą komunikacyjną o znaczeniu militarno-strategicznym i handlowym: łączył Toruń i Chełmno z zamkami krzyżackimi w Prusach, umożliwiał zakonowi dostęp do morza. Świętopełk posiadał pewne posiadłości i grody na prawym brzegu Wisły, mógł zatem być niebezpieczny dla krzyżaków.
Zapewne wiadomość o klęsce Niemców w Inflantach ? w bitwie z wojskami ruskimi na jeziorze Pejpus ? spowodowała niepokoje na podbitych przez krzyżaków ziemiach pruskich i skłoniła Świętopełka do wystąpienia przeciw zakonowi. Wiosną w roku 1242 rozpoczął on walkę o Wisłę. Zaczął ściągać cło ze statków zakonu krzyżackiego i jego poddanych, zajął statki niemieckie na Wiśle, a w końcu wstrzymał całą żeglugę i odciął grody krzyżackie od zaopatrzenia. Potem przystąpił do działań wojennych. Latem tegoż roku (1242) wybuchło antykrzyżackie powstanie zachodnich plemion Prusów, które wyrzekły się chrześcijaństwa. Zakon krzyżacki utracił wówczas prawie wszystkie swe pruskie zdobycze. Przed powstańcami pruskimi obroniły się tylko silne grody, jak Elbląg i Bałga na wybrzeżu; Radzyń, Chełmno i Toruń w Ziemi Chełmińskiej. Świętopełk, który jesienią 1242 roku wtargnął do Ziemi Chełmińskiej zapędził się aż pod Toruń, ale grodu nie zdobył.
W tej sytuacji krzyżacy skoncentrowali się na odzyskaniu panowania nad szlakiem wodnym Wisły, co oznaczało wojnę ze Świętopełkiem pomorskim. Wojna z chrześcijańskim księciem mogła zaszkodzić opinii zakonu krzyżackiego w ówczesnej Europie. Dlatego, aby pomóc krzyżakom, legat papieski Wilhelm z Modeny rzucił klątwę na księcia za najazd na Ziemię Chełmińską, pozostającą pod opieką papiestwa. Z wyklętym księciem krzyżacy mogli ? a nawet mieli obowiązek walczyć.
Siły militarne krzyżaków nie pozwalały im jednak walczyć z księciem pomorskim i równocześnie bronić się przed powstańcami pruskimi. Zakon potrzebował pomocy militarnej i sojuszników. Papież ogłosił więc nową krucjatę. Do Prus zaczęli przybywać krzyżowcy niemieccy. Ponadto krzyżacy pozyskali obu młodszych braci Świętopełka: Sambora i Racibora. Sojusznikami krzyżaków zostali także powaśnieni ze Świętopełkiem gdańskim książęta polscy: Konrad Mazowiecki ? który uważał, iż Pomorze powinno pozostawać pod zwierzchnością Polski ? i dwaj jego synowie, Bolesław Mazowiecki i Kazimierz Kujawski, oraz Bolesław Pobożny wielkopolski.
Krzyżacy ze sprzymierzonymi z nimi książętami polskimi bez trudu spustoszyli ziemie Świętopełka. Wojska krzyżackie, a wśród nich krzyżowcy niemieccy licznie przybyli wówczas z Austrii, dotarły aż pod Gdańsk. Książę pomorski zmuszony został do zawarcia pokoju i przekazania krzyżakom zakładników ? wśród nich najstarszego syna Mściwoja, który wywieziony został do Austrii.
Nadal jednak trwały walki z Prusami, zaś wojna między Świętopełkiem gdańskim a krzyżakami i ich polskimi sprzymierzeńcami została wznowiona; toczyła się jeszcze kilka lat, przerywana umowami pokojowymi, które zrywał książę pomorski. Wreszcie ? za pośrednictwem legata papieskiego Jakuba z Leodium (przyszłego papieża Urbana IV) ? późną jesienią 1248 roku zawarto pokój. Świętopełk poniósł straty, ale nie został pokonany ? zachował swoje księstwo. Oddał natomiast krzyżakom swe posiadłości na prawym brzegu Wisły i zapewnił im wolną żeglugę ? bez cła ? aż do Gdańska. Wisła miała być granicą między Pomorzem a krzyżackimi Prusami. Wówczas krzyżacy zwolnili wszystkich zakładników. Legat papieski doprowadził też do pojednania Świętopełka z braćmi; obaj odzyskali swe dzielnice. Sambor ? ziemię lubiszewską a Racibor ? ziemię białogardzką. Pozostali jednak sojusznikami krzyżaków, a Racibor został nawet rycerzem zakonu krzyżackiego.
Dzięki pośrednictwu legata papieskiego Jakuba z Leodium i pod jego osobistym nadzorem doszło ? po zakończeniu wojny pomorsko-krzyżackiej ? do zawarcia ugody 7 lutego 1249 roku, w Dzierzgoniu (Christburg) między zakonem krzyżackim a chrześcijańską ludnością pruską, którą reprezentował sam legat papieski. Zobowiązywała ta ugoda Prusów do przestrzegania zasad religii chrześcijańskiej, wyrzeczenia się ostatecznie wierzeń i praktyk pogańskich, do płacenia dziesięcin i służby wojskowej dla krzyżaków. Prusowie zaś otrzymali wolność osobistą, prawo dziedziczenia dóbr i równouprawnienie z ludnością niemiecką. W sprawach ustroju wewnętrznego i sądownictwa mieli się Prusowie kierować zasadami prawa polskiego, które sami wybrali. Umowa dzierzgońska nigdzie nie mówiła wyraźnie o poddaniu Prusów zwierzchności krzyżaków, tylko o poszanowaniu przywilejów zakonu, lojalności i wierności wobec krzyżaków. W razie porzucenia chrześcijaństwa Prusowie mieli utracić wszystkie prawa i wolności.
Dzięki legatowi papieskiemu krzyżacy uznali wolność Prusów. Jak pisał wybitny znawca dziejów krzyżackich, Karol Górski, zakon nie mógł odtąd traktować nowo-nawróconych jako niewolników ani jako pańszczyźnianych chłopów. Jednakże ugoda ta dotyczyła tylko Pomezanów i mieszkańców północnej części Warmii i Natangii. Opór pozostałej ludności Prus złamał zakon za pomocą krzyżowców, których spore oddziały przybyły do Prus w latach 1250 i 1251, prowadzone przez margrabiego brandenburskiego Ottona, biskupa merseburskiego Henryka i hrabiego Henryka ze Schwarzburga. Doszło także do nowej wojny między Świętopełkiem a krzyżakami (1251-1253). Krzyżacy przekroczyli Wisłę i pustosząc Pomorze Gdańskie dotarli aż pod Oliwę. Według cysterskiej Kroniki Oliwskiej:
Roku Pańskiego 1252, w dzień nawrócenia św. Pawia (25.1), niemało Pomorzan zostało zabitych przez wspomnianych już braci krzyżackich i ich ludzi, a klasztor oliwski ponownie ze wszystkich rzeczy obrabowany.
Wojna zakończyła się traktatem pokojowym na warunkach ustalonych już w roku 1248.
Problemem dla władz zakonu krzyżackiego stały się także stosunki z miejscową hierarchią kościelną. Oto wyznaczony przez papieża na arcybiskupa Prus i Inflant Albert Suerbeer ? wzorem swego poprzednika Chrystiana ? próbował narzucić swe zwierzchnictwo zakonowi. Krzyżacy nie wpuścili go do Prus. Ostatecznie biskup wybrał na stolicę Rygę. Mianowani przez Alberta (1249/59) biskupi pruscy również wiedli spory z krzyżakami. Dopiero po ich śmierci zakon zdołał wchłonąć trzy biskupstwa (z wyjątkiem warmińskiego). Zarówno kanonicy, jak i biskupi przyjęli regułę i ubiór krzyżacki. W ten sposób mistrz krajowy i wielki mistrz stali się kościelnymi zwierzchnikami biskupów i kanoników pruskich. Tylko biskup warmiński Anzelm i jego następca Henryk, wraz z kapitułą, nie poddali się regule krzyżackiej. Pozwoliło to biskupom warmińskim zachować w państwie krzyżackim znaczną niezależność.
Po zakończeniu wojny ze Świętopełkiem gdańskim i stłumieniu powstania pruskiego krzyżacy przystąpili do dalszego podboju ziem póhiocno-wschodnich, Sambii i Żmudzi, a więc obszarów położonych między posiadłościami obu gałęzi zakonu, pruskiej i inflanckiej.
Podboju Sambii ? skąd kupcy wywozili najbardziej atrakcyjny wówczas towar ? bursztyn, próbowali początkowo krzyżacy dokonać w przymierzu z Lubeką. W roku 1246 Lubeczanie z inflanckimi krzyżakami zorganizowali wyprawę morską na Sambie. Po dwóch kolejnych wyprawach drogą morską z Inflant krzyżacy zbudowali (1252?1254) przy ujściu Niemna zamek Memelburg (Kłajpeda); powstała przy nim osada miejska zasiedlona została przez Lubeczan. Zamek ten miał służyć krzyżakom za bazę podboju Żmudzi, był też bazą operacji militarnych przeciw Sambii.
Również krzyżacy z Prus podjęli działania wojenne przeciw Sambii. Pierwsza wyprawa (zimą 1252/53) zakończyła się klęską. Sukces przyniosła, dopiero dwa lata później, wielka wyprawa krzyżacka na Sambie, przy udziale krzyżowców czeskich i niemieckich, których w 1255 roku król czeski Przemysław Ottokar II i jego szwagier margrabia brandenburski Otto przywiedli do Prus. Dołączyły do nich w Elblągu wojska krzyżackie wielkiego mistrza Poppona von Osterna i biskupów pruskich: Heidenryka chełmińskiego i Anzelma warmińskiego. Wówczas dopiero udało się krzyżakom pokonać Sambów. Przyrzekli przyjąć chrzest i poddać się władzy zakonu. Na prawym wysokim brzegu rzeki Pregoły, milę od jej ujścia do morza, zbudowano zamek, nazwany na cześć króla czeskiego Kónigsberg (Królewiec). W pobliżu zamku powstało niebawem osiedle miejskie.
Nie był to jednak koniec walk o Sambie. Zajętą przez krzyżaków, najeżdżali mieszkańcy sąsiednich ziem pruskich. Ludność Sambii buntowała się przeciw panowaniu zakonu. W roku 1256 antykrzyżackie powstanie Sambijczyków krwawo stłumiono. Krzyżacy zapewnili sobie wierność możnych sambijskich nadając im znaczne dobra z wolnymi chłopami, którzy stawali się poddanymi swych współplemieńców. Podbój Sambii zakończony został ostatecznie w latach 1257/58; podzielono ją między zakon a biskupa rezydującego w Królewcu. Biskup sambijski otrzymał trzecią część kraju.
Walka o Sambie, podbój Kurlandii przez inflancką gałąź zakonu i wyprawy na Żmudź doprowadziły do kontaktu krzyżaków z Litwinami.
W pierwszej połowie XIII wieku na Litwie zaczęły kształtować się zręby organizacji państwowej. Około roku 1240 jeden z książąt litewskich, Mendog, zjednoczył plemiona górnej Litwy (Auksztoty) i rozpoczął ekspansję na sąsiednie ziemie litewskie (Żmudź) i ruskie. Wówczas krzyżacy z inicjatywy mistrza krajowego Inflant utworzyli koalicję przeciw Mendogowi (1250), w skład której weszli, prócz krzyżaków, książęta Rusi i Mazowsza, a także Żmudzini i Jaćwięgowie. Zagrożony Mendog zawarł przymierze z krzyżakami i przyjął chrzest z rąk księdza krzyżackiego. Wysłane do Rzymu poselstwo litewskie zostało przyjęte przez papieża Innocentego IV, który żywo interesował się chrystianizacją północno-wschodniej Europy. Papież chętnie zgodził się na przyjęcie Litwy pod opiekę Stolicy Apostolskiej i polecił biskupowi Chełmna koronować Mendoga na króla a także mianować biskupa dla Litwy, niezależnego od metropolii ryskiej. W roku 1253 Mendog został uroczyście koronowany; intronizowano nowego biskupa litewskiego, którym został kapłan krzyżacki Chrystian. Krzyżakom nadał Mendog część ziem na Żmudzi i Jaćwięży. Były to jednak obszary, które należało dopiero zdobyć.
Plany misji litewskiej i jaćwięskiej dojrzewały również w tym samym czasie w Kościele polskim. Około 1248 roku biskupem misyjnym dla Jaćwięży mianowano Henryka, dominikanina prowincji polskiej. W roku 1253 natomiast arcybiskup gnieźnieński Pełka konsekrował na biskupa litewskiego dominikanina Wita. Podjęto także próbę wzmocnienia Kościoła polskiego na kresach wschodnich poprzez ustanowienie nowego biskupstwa z siedzibą w Łukowie, które objąć miał franciszkanin Bartłomiej z Pragi. Niestety, plany misji Kościoła polskiego na pograniczu jaćwięsko-litewskim nie dały trwałych rezultatów.
W tymże czasie, kiedy krzyżacy dokonywali podboju Sambii i sięgali po Żmudź, rozstrzygały się losy południowo-wschodnich ziem pruskich i częściowo Jaćwięży. Książęta polscy, szczególnie Mazowsza i Kujaw ? synowie Konrada Mazowieckiego ? próbowali opanować ziemie, leżące na północ i północny wschód do Mazowsza. Napotkali jednak na zdecydowaną kontrakcję dyplomatyczną i militarną zakonu krzyżackiego. Ostatecznie tyl ko niewielka część ziem Jaćwięży znalazła się w strefie wpływów politycznych Siemowita mazowieckiego. Od połowy XIII wieku rywalizacja polityczna i wrogość między zakonem a książętami polskimi rosła. W rozbitej na dzielnice Polsce książęta byli zbyt słabi, skłóceni i zajęci walkami wewnętrznymi, by zapobiec powstaniu państwa zakonnego i przeszkodzić ekspansji krzyżaków.
Ekspansja ta kierowała się na ziemie nadbałtyckie. Jednakże w drugiej połowie XIII wieku głównym celem ataku sił krzyżackich ? zarówno gałęzi pruskiej, jak inflanckiej ? była Żmudź i panowanie nad połączeniem terytorialnym między Prusami a Inflantami. Mimo bowiem opanowania Półwyspu Sambijskiego i zbudowania dwu silnych grodów w Królewcu i Kłajpedzie przejście z jednej do drugiej części posiadłości zakonu ciągle było zagrożone.
Walki krzyżaków ze Żmudzinami były trudne i wojska zakonu ponosiły częste porażki. Latem 1260 roku krzyżacy zorganizowali dużą wyprawę przeciw Źmudzinom. Z Inflant wyruszył mistrz krajowy Burchard von Hornhausen, z Królewca zaś wielki marszałek Henryk Botel. Obaj prowadzili oddziały rycerzy zakonnych i zmobilizowanej ludności kurońskiej, liworiskiej i pruskiej oraz oddziały krzyżowców. Wśród nich był także ze swym wojskiem książę Siemowit mazowiecki. W bitwie nad jeziorem Durbe wojska krzyżackie zostały pokonane (13.VII.1260). Zginęli obaj wodzowie krzyżaccy i około 150 rycerzy. Klęska ta stała się hasłem do wybuchu powstania w krzyżackich Inflantach i Prusach. Litewski król Mendog zerwał sojusz z krzyżakami i porzucił chrześcijaństwo, by uratować swe panowanie. Krzyżackie biskupstwo Litwy przestało istnieć.
Mendog by pomścić udział wojsk polskich w wyprawie na Żmudź, zorganizował również wielki najazd litewski na Mazowsze (1262), w którym wzięli też udział Rusini z księstw północnych. Wyprawa litewska przekroczyła Wisłę i zdobyła zamek księcia mazowieckiego w Ujazdowie. Książę Siemowit, uczestnik wyprawy żmudzkiej, został zabity, a jego syn Konrad wzięty do niewoli. Spalono Płock, zaś całe Mazowsze spustoszono. Był to jeden z pierwszych i najbardziej dotkliwych najazdów litewskich na Polskę.
Tymczasem powstanie w Prusach (wrzesień 1260) objęło wszystkie plemiona między Niemnem a Wisłą. Jedynie Pomezania i Ziemia Chełmińska pozostały wierne zakonowi. Na czele powstańców stanęli zdolni dowódcy, wyszkoleni w wojskach zakonu. Sambami dowodził Glande, Natangami ? Henryk Monte, kształcony przez krzyżaków na księdza; Bartom przewodził Dziwan, Warmom ? Glappo, a na czele Pogezanów stanął Autume. Ludzie ci znali dobrze nie tylko kraj, ale również nieprzyjaciół ? sposób walki krzyżaków, ich uzbrojenie, siły i możliwości.
Przyczyną drugiego powstania Prusów były ciężkie robocizny i daniny, które władze zakonne w Prusach nakładały na ludność mimo postanowień ugody dzierzgońskiej. Wywoływały one protesty i skargi do Rzymu, bowiem formalnie ludność pruska pozostawała pod opieką papiestwa. Doprowadziły wreszcie do powstania. Sukcesy powstańców w pierwszej fazie groziły likwidacją władztwa krzyżackiego w Prusach, ale odniesione w końcu zwycięstwo pozwoliło krzyżakom utwierdzić władztwo zakonu w Prusach.
Pierwsze lata powstania przyniosły krzyżakom znaczne straty. Padały małe grody krzyżackie. Zniszczono osiedla kolonistów niemieckich i wiernych zakonowi Prusów. Większe grody oparły się powstańcom, ale po dłuższym oblężeniu i odcięciu od zaopatrzenia zostały wzięte głodem lub opuszczone przez załogi krzyżackie. Powstańcy zdobyli i zniszczyli Braniewo (Braunsberg), Lidzbark (Heilsberg), Reszel, Bartoszyce i Krzyżpork (Kreuzburg). Biskupi Sambii i Warmii opuścili swe diecezje, a razem z nimi prawie cały kler. Krzyżacy z trudem zdołali obronić duże grody leżące nad szlakami wodnymi ? Elbląg, Bałgę, Królewiec i Welawę. Oddziały, które próbowały stawiać opór powstańcom, ponosiły klęski. W roku 1263 przywódca Natangów Monte podczas najazdu Ziemi Chełmińskiej pobił krzyżaków pod Lubawą.
Powstańcy pruscy zawdzięczali swoje sukcesy nie tylko dobrej organizacji powstania, czy zdolnym wodzom. Ważna była również pomoc i współdziałanie z powstańcami pruskimi Litwinów i Jaćwięgów. Król litewski Mendog ruszył ze Żmudzinami na krzyżaków inflanckich. Sprzymierzony z nim książę ruski Aleksander Newski zaatakował Dorpat. Po zamordowaniu Mendoga (1263) Litwini nie zaprzestali walki z krzyżakami. Oddziały litewskie docierały aż do Ziemi Chełmińskiej. Jaćwięgowie często wyprawiali się na Prusy krzyżackie. Jeden z ich oddziałów ? dowodzony przez najsłynniejszego wówczas wodza jaćwięskiego Skumanda ? dotarł aż pod Toruń. Inny najechał Pomezanię i zniszczył okolice Kwidzynia; ocalał tylko gród.
Ponadto w pierwszej fazie powstania zakon zdany był prawie wyłącznie na własne siły, bowiem obawa przed Tatarami i niepewna sytuacja w Niemczech w czasie wielkiego bezkrólewia (1256?1273) zahamowały znacznie napływ krzyżowców do Prus. Co więcej, spory krzyżaków z ich najbliższymi sąsiadami ? księciem Kazimierzem Kujawskim i książętami Pomorza, pozbawiły zakon ich wsparcia, a nawet w latach 1266?68 spowodowały walki zbrojne z Pomorzem.
W tej sytuacji krzyżacy bronili przede wszystkim Pomezanii i Ziemi Chełmińskiej ? podstawy terytorialnej ich władztwa. Jednocześnie próbowali skłócić Prusów, przyznając ich możnym, za wierność lub przejście na stronę zakonu, duże nadania ziemskie. Działania te, prowadzone przede wszystkim wśród możnych Sambii, odniosły skutek. Później pomogli zakonowi w walce z powstańcami pruskimi krzyżowcy.
Dzięki stałej pomocy krzyżowców (od 1265), polityce osobistych sojuszy z możnymi pruskimi za cenę zachowania wolności i posiadłości ziemskich, a także represjonowania pokonanych, udało się krzyżakom stopniowo stłumić drugie powstanie pruskie. Najpierw poddała się Sambia. Potem w wyniku krucjaty z roku 1272 ? prowadzonej przez margrabiego Dytryka z Miśni ? podbito Natangię, Warmię i Barcję. Wreszcie, w roku 1274 złamany został opór Pogezanii. Drugie powstanie pruskie upadło. Niedługo potem (1274?77) krzyżacy podbili dwa małe plemiona pruskie Nadrowów i Skalowów, zajmujące obszary między rzekami Pregołą a Niemnem. W roku 1276 doszło jeszcze do jednego powstania Prusów. Nie miało ono już jednak większego zasięgu i szybko zostało stłumione przez krzyżaków.
Upadek drugiego powstania nie spowodował żadnej umowy pokojowej między zakonem krzyżackim a Prusami, takiej jak ugoda dzierzgońska z 1249 roku po stłumieniu pierwszego powstania. Prusowie, którzy dobrowolnie poddali się lub nie brali udziału w powstaniu, zachowali wolność i majątek lub otrzymali od krzyżaków dobra ziemskie z osiadłą na nich ludnością chłopską. Powstała w ten sposób w Prusach uprzywilejowana grupa społeczna ?wolnych pruskich", która później weszła w skład szlachty pruskiej. Większość jednak ludności pruskiej, pozbawiona wolności i praw, stała się warstwą poddanych chłopów. Ci, których pojmano jako jeńców wojennych pozostali niewolnikami. Część wreszcie Prusów opuściła na zawsze kraj rodzinny i osiadła na Litwie i Rusi, na Pomorzu Gdańskim, na Mazowszu i w Wielkopolsce. Z tych emigrantów wywodził się późniejszy polski ród szlachecki Prusów.
Ostatnim terytorium podbitym przez krzyżaków w XIII wieku była Jaćwięż, zwana w kronikach krzyżackich Sudowią. Jaćwięgowie napadali bogatsze okolice sąsiednich krajów, w tym również Rusi i Polski. Prowadziło to do walk i wypraw odwetowych, a także prób podboju i pacyfikacji Jaćwięży. Walki z książętami ruskimi i polskimi osłabiały siły militarne Jaćwięgów, to zaś ułatwiło krzyżakom ich podbój.
Krzyżacy podbój plemion jaćwięskich prowadzili od roku 1278. Systematycznie pustoszyli ziemie jaćwięskie i budowali na nich grody obronne. Początkowo wojska krzyżackie napotykały duży opór. Jaćwięgowie próbowali nawet wypraw odwetowych ? jak około roku 1280, kiedy dokonali najazdu na krzyżacką Sambie. Stopniowo jednak słabł opór Jaćwięgów. Poddanie się zakonowi w roku 1282 i chrzest kilku wodzów jaćwięskich ? między nimi też Skumanda ? zakończyło krzyżacki podbój Jaćwięży. Część ludności jaćwięskiej schroniła się na Litwie. Ci zaś, którzy poddali się krzyżakom zostali przesiedleni do Pomezanii, Pogezanii i Sambii. Opuszczone ziemie Jaćwięgów przez długi czas oddzielały posiadłości krzyżackie od Litwy. Z czasem stały się terenem osadnictwa krzyżackiego, polskiego i litewskiego.
Po zakończeniu podboju ziem pruskich zaczęli krzyżacy zasiedlać je niemieckimi chłopami. Wcześniej, w okresie podboju Prus i Inflant, krzyżacy dbali głównie o osadnictwo rycerskie ? źródło siły zbrojnej oraz osadnictwo mieszczan ? kupców i rzemieślników, dostarczających środków do życia i walki. Mimo osadnictwa niemieckiego podbite przez krzyżaków ziemie długo zachowały pruski charakter etniczny. Według obliczeń profesora Gerarda Labudy około roku 1300 Niemców w Prusach było 12.000?15.000, w tym około 1500 do 2000 osób należało do grupy dzierżących władzę. Natomiast ludność rodzima liczyła mniej więcej 120.000 osób. Dopiero w ciągu XIV wieku wzrosła liczba ludności niemieckiej w Prusach.
Bilans działalności zakonu krzyżackiego nad Bałtykiem w XIII wieku był imponujący. Od roku 1230 do końca tego stulecia, wykorzystując dogodną sytuację polityczną, militarną i społeczną ? jak słabość książąt polskich, spory papieża z cesarzem, napływ krzyżowców i osadników nad Bałtyk ? stworzyli krzyżacy państwo zakonne, sięgające od Wisły aż do Zatoki Fińskiej. W ciągu jednego stulecia z małego lazaretu polowego pod Akkonem wyrosło potężne i bogate zgromadzenie zakonne, które stworzyło własne państwo nad Bałtykiem.